蛋白聚糖是被大量糖基化了的糖蛋白。基本的蛋白聚糖单位由一个“核心蛋白质”与一个或多个共价结合着的糖胺聚糖链所组成。附着点是一个丝氨酸残基，糖胺聚糖通过四糖桥被连接到其上（例如：硫酸软骨素-葡萄糖酸-半乳糖-半乳糖-木糖-蛋白质）。丝氨酸残基通常在于这种序列中：-丝氨酸-甘氨酸-X-甘氨酸-（X指可以是任何氨基酸残基），尽管并不是所有具有此序列的蛋白质都具有一个附着着的糖胺聚糖。